住房保障服務中心有以下內設下屬機構（均為正股級）：市直管公房租賃服務中心、市城鎮片區改造事務中心、慶云山住房保障服務所、團山住房保障服務所、凌云塔住房保障服務所、高新區住房保障服務所、山巷口住房保障服務所、草尾住房保障服務所、黃茅洲住房保障服務所、南大膳住房保障服務所、胭脂湖住房保障服務所、陽羅洲住房保障服務所、赤山住房保障服務所、共雙茶垸住房保障服務所。